氣象觀測：

1. 地面氣象觀測：
   本站地面氣象觀測項目有氣壓、氣溫、風向、風速、濕度、降雨、降雨強度、日照時數、日射量、能見度、蒸發量、天氣現象及雲等氣象要素， 每天二十四小時作業。由於採用地面氣象自動測報系統，大部份即時觀測資料均可透過局屬網路專線，傳輸至臺北氣象預報中心， 以供天氣分析及預報作業之用，本站則將這些資料統計製成氣候資料，以供各界申請參考用。
   另外，值班時間每三小時一次（陸上颱風警報期間，可視任務需要配合預報中心作業進行加強編報任務。），將各氣象要素觀測資料編成規定格式之氣象電碼， 傳送至臺北氣象預報中心通信部門，經彙整後對國際廣播，提供國內外氣象單位參考。
2. 船舶氣象觀測：
   本站輔導並協助航行於高雄澎湖海域間的台華輪，定點收集海上氣象觀測資料做為天氣分析之參考。
3. 大氣化學觀測：
   本站在觀測坪設有放射性污染偵測器，需定時更換感應體及收集雨水及落塵，寄送原子能委員會分析大氣放射性物質含量。另原子能委員會亦在本站設有環境監測站，即時監測環境輻射量。
4. 紫外線指數觀測：
   本站八十八年一月在風力塔日射量感應器旁裝設紫外線指數感應器，擷取觀測紫外線指數，並透過局屬網路傳回臺北，供發布紫外線指數參考。
5. 酸雨觀測：
   本站九十六年十一月在觀測坪裝設酸雨收集器，當有適量以上降雨時，收集檢測，並視需要將雨水樣品寄局複驗，供研究及應用參考。

地震測報：

澎湖氣象站設有深井地震站、短週期三向地震儀、新式強震加速度儀，衛星定位系統和地震警報器，可即時將觀測到之地動資料經由數據專線自動傳輸至鈞局地震測報中心， 提供強地動及地殼形變之觀測資訊，做為分析研判及發布地震消息之參考，並能立即顯示本站有感地震之級數。

潮汐測報：

代管設於馬公第三漁港之潮位站，將資料傳送至臺北海象中心，做為分析研判及發布未來潮汐預報的參考。

天氣預報：

由於臺灣本島地形複雜，澎湖氣候又另有特色，為使天氣預報更符合地方之特性與需求，本站與其他氣象站一樣，每日參加預報討論會，透過即時視訊了解最新天氣分析及未來趨勢，撰寫地方之天氣小幫手，並針對責任區鄉鎮預報校驗回饋預報中心。 同時，輪值人員也兼負天氣守視的工作職責，當有特殊天氣發生時，立即以最快速度轉報臺北氣象預報中心及本地區各有關單位及有需要的民眾處理。

通信及電源系統：

本站目前之氣象預報、觀測、地震、潮汐及行政之各作業系統均整合使用局屬網路之數據專線，可迅速接收及傳輸各種氣象資訊。另備有高頻無線電系統，做為通信之備份線路。同時，本站為避免因市電中斷而影響作業，除作業室整合為兩台不斷電裝置供主要設備使用外，亦備有發電機二部，以應緊急供電，使各類作業及對外通信無中斷之虞。